Cartagena fue fundada en 1533 por Pedro de Heredia, en el área donde vivió la gente del Caribe Calamarí, su significado conocido “cangrejo”. Esta población indígena era parte de una tribu nativa llamada el Mocanáes; Las cuentas españolas los describen como feroces y guerreros, y precisan que incluso las mujeres lucharon en una igualdad con los hombres.

Algunos años después de que hubiera sido fundada, los españoles diseñaron un plan de la defensa en el cual la estrategia principal era la construcción de una fortaleza militar emparedada para proteger la ciudad contra pillar de piratas ingleses, holandeses y franceses.

A pesar de las precauciones, la ciudad fue atacada muchas veces. En 1544 el pirata francés Roberto Baal (aka Roberval) forzó a Gobernador Pedro de Heredia huir y darle el oro para evitar de estar en la misericordia de los invasores.
En 1559, el francés Martín Cote también dominó la ciudad.

Otro ataque del pirata era el de Francis Drake, que desembarcó en la noche y tomó la ciudad en el amanecer; él forzó a habitantes tomar el refugio en la aldea vecina de Turbaco, se quemó las casas y destruyó un cubo de la catedral.

Y en 1568, el ingles Juan Hawkins sitio la ciudad por siete días.

En marcha de 1741 la ciudad fue atacada por las tropas del almirante inglés Edward Vernon, que llegó Cartagena con una flota enorme de 186 naves y de 23.600 hombres contra solamente 6 naves y 3.600 hombres. Después de semanas de luchar intenso, el sitio fue rechazado por el comandante español, general Blas de Lezo

Cartagena era un puerto que negociaba importante, especialmente para los metales preciosos.

El 5 de febrero 1610, los monarcas católicos establecieron de España la inquisición que la corte santa de la oficina en Cartagena de Indias por un decreto real publicó por rey Philip II. El palacio de la inquisición, acabado en 1770, todavía está allí con sus características originales de épocas coloniales.

En épocas coloniales, los españoles también construyeron una serie de construcciones y las fortalezas para defender la ciudad, tal como San Sebastián de Pastelillo Fort, en la vecindad de Manga, y el Castillo de San Felipe de Barajas, una fortaleza grande nombraron en honor de rey Philip de España IV.